在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类逃到天空上，建立了天空之都。残留在地上的人类失传了那些超高科技，经过许多世代后，古代的事件和天空中的人变成了传说，现在人们找到的机兽就是古代文明的遗物。
尽管是作为ZOIDS系列动画当中的一部，然而它看上去却和之前三部在时间线上没有显著的联系，并且相关的设定也有和其它三部相异的地方，官方也没有对作品的定位做出说明。相对于在海外先行播放的第三部，本作是一部完全面向日本国内的作品。台湾地区于2007年8月19日在东森电视台以《机兽创世纪》为标题进行了播映。香港地区则是于2008年3月25日在亚洲电视本港台以《索斯机械兽Ⅴ》为标题播映，其中“Ⅴ”为罗马数字5，这是因为香港地区将系列的第一部分成两部看待。
2009年，本作品以《机獣创世记ゾイドジェネシス》的名义参战以多部机器人动画为蓝本的游戏作品——《超级机器人大战K》，成为了首部加入《超级机器人大战》系列作品的ZOIDS动画。[
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